La investigación inicial tiene por objeto que el Ministerio Público reúna indicios para el esclarecimiento de los hechos y, en su caso, los datos de prueba para sustentar el ejercicio de la acción penal, la acusación contra el imputado y la reparación del daño (artículo 213 del CNPP). Esta etapa comprende dos fases:

• Investigación inicial. Comienza con la presentación de la denuncia, querella u otro requisito equivalente y concluye cuando el imputado queda a disposición del juez de control para que se le formule la imputación.

En esta fase el Ministerio Público recaba datos a partir de que tiene noticia de un hecho que la ley señale como delito. Dichos datos están destinados a esclarecer los hechos que constituyan un delito, así como a la identificación de quién lo haya cometido o participado en él.

Es importante señalar que desde esta etapa la víctima u ofendidos podrán designar a un Asesor Jurídico, quien debe ser licenciado en derecho o abogado titulado, lo cual debe acreditar con la cédula profesional; su función será la de orientar, asesorar o intervenir legalmente en el procedimiento penal, en representación de la víctima u ofendido. En caso de que la víctima u ofendido pertenezcan a un pueblo o comunidad indígena, el Asesor Jurídico deberá tener conocimiento de su lengua primaria o deberá actuar asistido de un intérprete que también tenga dicho conocimiento.

• Investigación complementaria. Comprende desde el momento en que se formule la imputación, y se agota una vez que se haya cerrado la investigación.

Una vez que el Ministerio Público considera que tiene los datos suficientes, solicitará al juez de control una audiencia inicial, en la que imputará el delito por el cual se le acusa a la persona identificada en los datos obtenidos durante la investigación inicial. A petición del Ministerio Público, el juez de control en audiencia señalará las medidas cautelares procedentes y, en su caso, dictará el auto de vinculación a proceso. La vinculación a proceso abre la investigación denominada complementaria (formalizada), estableciendo el tiempo estrictamente necesario para llevarla a cabo y el menor posible si es que se dictó al imputado prisión preventiva.

El proceso comenzará con la audiencia inicial y  terminará con la sentencia firme. El abogado, al tener conocimiento de los hechos que le imputan, debe iniciar con su teoría del caso.

Respecto al auto de vinculación a proceso, en éste se establece el hecho o los hechos delictivos sobre los que se continuará el proceso o se determinarán las formas anticipadas de terminación del proceso, la apertura a juicio o el sobreseimiento.

Quibrera Preciado (2014) indica que de acuerdo al texto constitucional, el auto que dicta la vinculación a proceso deberá señalar lo siguiente:

1. El delito que se imputa al acusado
2. El lugar, tiempo y circunstancias de su ejecución
3. Los datos que establezcan que se ha cometido un hecho que la ley señale como delito y que exista la probabilidad de que el indiciado lo cometió o participó en su comisión.

Los principios de continuidad y concentración exigen que las audiencias se lleven de forma continua, sucesiva y secuencial, y preferentemente el mismo día. En la audiencia inicial se desahogan los siguientes puntos:

• Control de la detención
• Formulación de la imputación
• Declaración preliminar
• Situación jurídica del imputado
• Medidas cautelares
• Plazo para el cierre de la investigación
• Vinculación a proceso (en caso de que el imputado desee renunciar al plazo constitucional de 72 horas)

Transcurrido el plazo otorgado por el juez de control para el cierre de la investigación complementaria, el Ministerio Público tendrá quince días para formular acusación, solicitar el sobreseimiento parcial o total de la causa, o solicitar la suspensión a proceso.

Esta etapa consta de dos fases: una escrita, compuesta por la acusación y todos los actos previos a la audiencia intermedia; y una fase oral, conocida como audiencia de preparación de juicio oral, ya que dará inicio con la celebración de la audiencia intermedia y culminará con el dictado del auto de apertura a juicio.

Como explica González Obregón (2011), al formular la acusación contra el imputado, el Ministerio Público avanza a la etapa intermedia, en donde una vez que el juez reciba la solicitud, notificará a las partes y las citará a la audiencia intermedia, en donde se ofrecerán las pruebas conducentes, sin perjuicio de los acuerdos probatorios entre las partes. El juez de control admitirá, según su pertinencia, idoneidad y licitud, las pruebas y acuerdos probatorios entre las partes. Este mismo juez abrirá la etapa de juicio oral mediante el auto correspondiente.

La audiencia intermedia tiene como finalidad dirimir todas aquellas cuestiones procesales que impedirían el libre y adecuado desarrollo de la audiencia de juicio oral. Algunos ejemplos de asuntos que se tocan en la audiencia intermedia son los siguientes:

• Resolver sobre acuerdos probatorios.
• Cerciorarse de que se haya cumplido con el descubrimiento probatorio.
• Dictado de auto de apertura a juico.
• Excluir medios de prueba.
  • Los sobreabundantes, impertinentes o innecesarios.
  • Los obtenidos con violación a los derechos humanos.
  • Los declarados nulos.
  • Los que contravienen las disposiciones para su desahogo.

Los acuerdos probatorios son aquellos celebrados entre el Ministerio Público y el acusado, sin oposición fundada de la víctima u ofendido, para aceptar como probados alguno o algunos hechos o sus circunstancias. Estos acuerdos probatorios se podrán celebrar hasta antes del dictado del auto de apertura.

Antes de finalizar la audiencia intermedia, el juez de control deberá dictar el auto de apertura a juicio en el que deberá indicar lo siguiente(artículo 347 CNPP):

1. El Tribunal de enjuiciamiento competente para celebrar la audiencia de juicio, así como la fecha y hora fijadas para la audiencia.
2. La individualización de los acusados.
3. Las acusaciones que deberán ser objeto del juicio y las correcciones formales que se hubieren realizado en ellas, así como los hechos materia de la acusación.
4. Los acuerdos probatorios a los que hubieren llegado las partes.
5. Los medios de prueba admitidos que deberán ser desahogados en la audiencia de juicio, así como la prueba anticipada.
6. Los medios de pruebas que, en su caso, deban desahogarse en la audiencia de individualización de las sanciones y de reparación del daño.
7. Las medidas de resguardo de identidad y datos personales que procedan.
8. Las personas que deban ser citadas a la audiencia de debate.
9. Las medidas cautelares que hayan sido impuestas al acusado.

El juez de control hará llegar dicho auto al Tribunal de enjuiciamiento competente dentro de los cinco días siguientes de haberse dictado y pondrá a su disposición los registros y al acusado.

Esta etapa es la parte sustancial del proceso, pues concluirá con la emisión de la sentencia condenatoria o absolutoria por parte del Tribunal de enjuiciamiento. Dicha sentencia se realizará sobre la base de la acusación presentada por el juez de control, habiéndose observado firmemente los principios de inmediación, publicidad, concentración, igualdad, contradicción y continuidad que rigen el sistema penal acusatorio. En esta etapa se desarrolla el debate sobre la Litis fijada y se desahogarán los medios de probatorios correspondientes.

La audiencia de juicio a su vez tiene sus propias fases o etapas y se llevará a cabo de manera oral en todo momento.

En la primera fase el Tribunal de enjuiciamiento constituirá el día y la hora fijados para su celebración. En esta audiencia, el juez que la presida verificará la presencia de los demás jueces y de todos aquellos que participarán en el debate (las partes, testigos, peritos o intérpretes) y declarará abierta la audiencia. Además, como señala Quibrera Preciado (2014), el juez ordenará y autorizará las lecturas pertinentes, hará las advertencias que correspondan, tomará las protestas legales, y moderará la discusión impidiendo intervenciones impertinentes o que no resulten admisibles, sin coartar por ello el ejercicio de la persecución penal o la libertad de defensa. Asimismo, resolverá las objeciones que se formulen durante el desahogo de la prueba.

Una vez abierto el foro se inicia con el alegato de apertura, el cual tiene como propósito llevar al conocimiento del juez la teoría del caso y anticipar cómo se comprobará el orden y contenido de la prueba a presentar. El orden en que se realiza es concediendo primero la palabra al Ministerio Público, luego al asesor jurídico de la víctima u ofendido (si lo hubiere) y posteriormente al defensor para que de forma concreta y oral exprese lo que al interés del imputado convenga.

A continuación se llevará a cabo el debate probatorio, el cual se realizará a través de interrogatorios y contrainterrogatorios a testigos, peritos, introducción de documentales, inspecciones, etcétera.

Una vez terminado el desahogo de pruebas se procede al cierre, a través del alegato de clausura, el cual consiste en una exposición final que tiene como fin argumentar la forma en que fue demostrada la teoría del caso de las partes durante la audiencia, así como hacer la solicitud al órgano jurisdiccional sobre la conclusión a la que debe llegar por el desahogo de las mismas.

Después de cerrado el debate, el Tribunal de enjuiciamiento en forma privada, continua y aislada, hará la valoración de las pruebas desahogadas en la audiencia de juicio hasta emitir el fallo correspondiente y dicha deliberación no podrá exceder las veinticuatro horas ni suspenderse salvo caso de enfermedad. El fallo deberá señalar lo siguiente:

• La decisión de absolución o de condena.
• Si la decisión se tomó por unanimidad o por mayoría de miembros del tribunal.
• La relación sucinta de los fundamentos y motivos que lo sustentan.

En caso de que el fallo sea de condena, en la misma audiencia se señalará la fecha de la audiencia de individualización de la pena y reparación del daño, plazo que no podrá exceder de cinco días.

En caso de que el fallo sea absolutorio, el Tribunal dispondrá de forma inmediata el levantamiento de las medidas cautelares que se hubieren decretado en contra del imputado.

En esta etapa se pueden llevar a cabo medios preparatorios de juicio, medidas cautelares o medios provocatorios. Esta etapa es eventual y contingente, y suele en ocasiones ser necesaria para que se pueda iniciar el proceso, como ocurre con la conciliación en el proceso laboral o con el agotamiento de determinados recursos administrativos en el proceso fiscal.